氣相色譜分析室：主要是對容易轉(zhuǎn)化為氣態(tài)而不分解的液態(tài)有機(jī)化合物及氣態(tài)樣品的分析。
儀器設(shè)備主要有氣相色譜儀，具有計算機(jī)控制系統(tǒng)及數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)，自動化程度很高，對有機(jī)化合物具有高效的分離能力，所用載氣主要有：H2、N2、Ar、He、CO2等。但對高沸點(diǎn)化合物，難揮發(fā)的及熱不穩(wěn)定的化合物、離子化合物、高聚物的分離卻無能為力。
要求局部排風(fēng)及避免陽光直射在儀器上，避免影響電路系統(tǒng)正常工作的電場及磁場存在，一般設(shè)計全鋼通風(fēng)柜、全鋼實(shí)驗(yàn)臺、儀器臺、萬向排氣罩、電腦臺、邊臺、洗滌臺、試劑柜等。
相色譜分析室：主要體現(xiàn)在高效率分離，對復(fù)雜的有機(jī)化合物分離制取純凈化合物，定量分析和定性分析。
儀器設(shè)備主要有：高效液相色譜儀，適宜于高沸點(diǎn)化合物、難揮發(fā)化合物、熱不穩(wěn)定化合物、離子化合物、高聚物等，彌補(bǔ)氣相色譜儀的不足。
質(zhì)譜分析室：主要是對純有機(jī)物的定性分析，實(shí)現(xiàn)對有機(jī)化合物的分子量、分子式、分子結(jié)構(gòu)的測定。
質(zhì)譜儀是利用電磁學(xué)的原理，使物質(zhì)的離子按照基特征的質(zhì)荷比來進(jìn)行分離并進(jìn)行質(zhì)譜分析的儀器，缺點(diǎn)是對復(fù)雜有機(jī)混合物的分離無能為力。
樣品處理室：一般有洗滌臺、實(shí)驗(yàn)臺、通風(fēng)柜等設(shè)備，同化學(xué)實(shí)驗(yàn)室類似。
潔凈實(shí)驗(yàn)室：主要是通過人為的手段，應(yīng)用潔凈技術(shù)實(shí)現(xiàn)控制室內(nèi)空氣中塵埃、含菌濃度、溫濕度與壓力、以達(dá)到所要求的潔凈度、溫濕度和氣流速度等環(huán)境參數(shù)。
